கடவுள் ரூபங்களில் முதன் முதலாக வணங்கப்பட்ட விநாயகர் என்றும் தமிழகத்தில் முதலில் எழுப்பப்பட்ட விநயாகர் கோவில் என்றும் கூறப்படுவது தூத்துக்குடி எல்லைக்கு உட்பட்ட ஆறுமுக மங்கலத்தில் அமைக்கப்பட்டுள்ள ஆயிரத்தெண் விநாயகர். இது கி.மு. 2300 வருடங்களுக்கு முன் கட்டப்பட்டதென்று இந்த ஆலயத்தின் வரலாறு கூறுகிறது.
கி.மு. 4ஆம் நூற்றாண்டில் வாழ்ந்த கோமார வல்லபன் என்ற அரசன் நர்மதை நதிக் கரையிலிருந்து ஆயிரம் வேத பண்டிதர்களை அழைத்து இங்கு மிகப் பெரிய யாகம் ஒன்றை நடத்திட முடிவு செய்தான். எனினும் அங்கு வந்தவர்களோ 999 பேர் தான். ஒரு பண்டிதர் குறைந்ததால் மன்னனின் மனதில் கவலை நிலவியது. பிரார்த்தனை செய்பவர்போல வடிவம் கொண்டு விநாயகரே பண்டிதராக வந்து யாகத்தை நிறைவு செய்தார். இதன் காரணமாக இங்குள்ள விநாயகர் ஆயிரத்தெண் விநாயகப் பெருமான் என்று அழைக்கப்படுகிறது.