பிரபல சாமியாராக நித்யானந்தா மீது பாலியல் பலாத்கார வழக்கு உட்பட பல்வேறு வழக்குகள் பதிவு செய்யப்பட்டுள்ளன. அதன் காரணமாக தீவிரமாக தேடப்பட்டு வரும் அவர் கடந்த 2018 ஆம் ஆண்டு இந்தியாவில் இருந்து தப்பி கைலாசாவின் வசித்து வருவதாக தகவல்கள் வெளியாகி உள்ளன.இதனிடையே நித்தியானந்தா உடல் நிலை மிகவும் மோசமான நிலையில் இருப்பதாக செய்தி வெளியாகியது . தற்போது மருத்துவ சிகிச்சைக்காக அடைக்கலம் வழக்குமாறு,இலங்கை அதிபர் ரணில் விக்கிரமசிங்கவுக்கு நித்தியானந்தாவின் சீடர்கள் தரப்பில் கடிதம் எழுதப்பட்டுள்ளது.
இந்நிலையில் ஆரோக்கியமாக இருந்த நித்தியானந்தாவுக்கு திடீர் உடல் நலக்குறைவு ஏற்பட்டதற்கு மெல்ல கொள்ளும் விஷம் கொடுக்கப்பட்டது காரணம் என்று அதிர்ச்சி தகவல் வெளியாகி இருப்பது பக்தர்கள் மத்தியில் பெரும் அதிர்ச்சியை ஏற்படுத்தியுள்ளது.நித்தியானந்தாவின் ஆசிரமத்திற்கு இந்தியாவிலும் பல நாடுகளிலும் ஏராளமான சொத்துக்கள் இருக்கின்றன. அவற்றின் மதிப்பு பல்லாயிரம் கோடி ரூபாய் என சொல்லப்படுகிறது.இவற்றை கைப்பற்றும் நோக்கத்தில் அவருடன் இருப்பவர்களை ரகசியமாக விஷம் கொடுத்திருக்கலாம் எனவும் சந்தேகம் எழுந்து புதிய பரபரப்பை கிளப்பியுள்ளது.